八萬四千法門可以集聚在無上大圓滿阿底瑜伽中，而阿底瑜伽所有的要點，又可以包括在自然本智當中。
所謂的自然本智，就是依靠上師的教言認識自心的本體光明，這就是無二智慧，也就是文殊菩薩。