新時代的眾生有各種業力的覆障，有各種新起的疾病和痛苦。末法時，佛教也會衰敗，許多咒語的力量也會減弱。然而，藥師佛法門是特別為末法時代的眾生宣說的，由於佛的願力，藥師咒的力量在末法時期反而更加強大。