在藏傳佛教中，藥師佛的信仰也非常流行，而且與西藏的醫藥業息息相關。在藏文中，藥師佛被稱為「桑傑曼拉」，「桑傑」的意思為覺悟者，即「佛」；而「曼」是「藥」；「拉」是「神」或「本尊」的意思。相傳，西藏醫藥便是透過藥師佛的加持而萌芽的。在宗教上，幾乎所有教派的傳承都有各自的藥師佛儀軌，而且寺院及世界各地的中心都很喜歡舉辦藥師法門共修、灌頂和法會。每當人們身體受到疾病的困擾，便會想起藥師佛，修持藥師佛儀軌或持誦《藥師佛心咒》，祈求藥師佛的加持，讓病苦得以消除。
但是，藥師佛的功德與加持並不只是侷限在消災治病的世俗層面，祂除了能夠在世間法上給予我們護佑之外，在出世間的解脫道也有極大的利益。這些功德佛陀在《藥師經》都有詳細的說明，只是我們往往放大了藥師佛消災延壽的功能，而忽略了祂能夠讓我們解脫輪迴的妙用。
